Allt har han förlorat – sitt namn, sin titel och sitt land. Inkahövdingen Don Felipe befinner sig i en liten by uppe i Anderna. Hans folk har plågats av de spanska erövrarnas grymheter och drabbats av deras medförda sjukdomar. Nu är hans egen tid på väg att rinna ut och han beslutar sig för att skriva ett brev till den spanske kungen. I brevet vädjar han till kungen att ingripa innan det är för sent. Sedan beger sig Don Felipe tillsammans med sitt barnbarn på en strapatsrik resa över berg och genom djungler till Lima varifrån brevet ska skickas till Spanien.
Påven av Indien är en gripande berättelse om en man som in i det sista kämpar för en rättvis värld. Romanen är inspirerad av det manuskript från 1600-talet som finns på Kungliga Biblioteket i Köpenhamn. Denna handskrift, kallad Inkakrönikan, är skriven av en ättling till den siste inkahärskaren och upptäcktes i bibliotekets samlingar först 1908, och ingen vet riktigt hur den kom dit!